Tudo começou no dia 8 de julho de 1993, no auditório da Faculdade de Medicina de Valença, durante Assembléia Extraordinária da Associação Médica Valenciana convocada para discutir a pauta “O médico e a condição de saúde no município de Valença”. 
Ali surgiu a idéia de criação da cooperativa, lançada pelo doutor Carlos Alberto Amorim, incentivado pelo doutor José Paulo Barbosa Faria. A partir da participação dos médicos, com o apoio da Federação das Unimeds do Rio de Janeiro, à época, sob a presidência do doutor Djalma Chastenet Contreiras, e contando, sobretudo, com o trabalho incessante do vice-presidente, doutor Humberto Banal B. Silva, também, presidente da Unimed Petrópolis, Valença começou a funcionar como seccional.
Após curto período de nove meses como seccional da Federação das Unimeds do Estado do Rio de Janeiro, a Unimed Marquês de Valença é fundada em 9 de dezembro de 1994. Singular 296 do Sistema Empresarial Cooperativo Unimed, teve como primeira diretoria os médicos José Paulo Barbosa Faria (presidente), José Geraldo Rigotti Faria (vice-presidente) e José Fernando Pereira Mesquita (diretor administrativo). E como vogais os doutores Carlos Castilhos de S. Fonseca, Gilson Vianna da Cunha e Antônio Carlos Machado. A assembléia de fundação contou com setenta médicos, e foi marcada pela união de forças com os profissionais médicos de Miguel Pereira, Paty do Alferes e de Rio das Flores. A solenidade foi realizada no Auditório da Associação Médica, que funcionava onde, hoje, é o escritório sede da Unimed Marquês de Valença, na avenida Nilo Peçanha, 428.
 

O nome

O título Unimed Marquês de Valença nasceu de sugestão do doutor Arnaldo Bonfim, então presidente da Unimed Rio, como justa homenagem a antiga denominação do município. Isto porque a denominação Unimed Valença não fora viável pois a mesma já existia na homônima cidade baiana. Em seguida, a denominação Unimed Vale do Paraíba, proposta pelo doutor José Paulo, foi impugnada pelas outras Unimeds da região. Assim, prevaleceu a opção Unimed Marquês de Valença.
 

A inspiração e liderança

Desde o início, ainda como seccional, o doutor José Paulo Barbosa Faria destacou-se como grande inspirador e líder. Por sua dedicada atuação, logo surgiu nele talento como dirigente Unimed. Ao mesmo tempo em que lutou junto de seus principais colaboradores na estruturação e crescimento da Unimed Marquês de Valença, divulgou, defendeu e realizou-se com o tema cooperativismo. Foi o grande incentivador da formação da Uniodonto Marquês de Valença, cooperativa dos dentistas, promovendo reuniões e palestras, desde 1997. Neste mesmo ano, é o principal responsável pela criação do jornal “O Marquês”, veículo informativo e disseminador dos ideais da Unimed a serviço da comunidade regional.
 

O sonho do hospital próprio

Foi contagiando a todos, que o doutor José Paulo liderou os demais cooperados a acreditarem no sonho possível de se criar uma nova opção no atendimento hospitalar. Isto, não sem antes, terem tentado discutir com as instituições existentes a importância de se investir na melhoria das condições do profissional médico e do atendimento à população. Não obtendo êxito, o anseio passou a ser, então, a criação de um hospital próprio. Naquele momento, vislumbrou-se a possibilidade de utilizar as instalações da antiga Clínica Boavista, praticamente desativada. No dia 12 de março de 1998, os membros da diretoria, reeleitos no mesmo mês, assinaram com o doutor Paulo Lippiani Pentagna contrato de locação, para criação do Hospital de Clínicas Marquês de Valença. 
A antiga clínica no bairro Benfica é totalmente reformada e adaptada para atender as modernas normas para construções hospitalares. A inauguração do novo Hospital de Clínicas Marquês de Valença se dá na ensolarada tarde do dia 12 de setembro de 1998. Na presença de diversas autoridades e do presidente da Federação, doutor Dagoberto José da Silva, os doutores José Paulo, José Geraldo e José Fernando - membros da diretoria executiva da Unimed Marquês de Valença -, juntamente com a doutora Maria Elisa Pinto Vieira, então, diretora administrativa do novo hospital, e o doutor Joaquim Ferreira de Paula, diretor clínico, descerram a fita simbólica de inauguração. No final de 1999, a Unimed Marquês de Valença anuncia a decisão de instalar um tomógrafo no seu Hospital de Clínicas. São feitas obras de adaptação e acréscimo da área de exames de diagnóstico.  No dia 1º de setembro de 2000, próximo de completar dois anos de inaugurado o Hospital Unimed, chega, enfim, o tão esperado, por toda comunidade, tomógrafo computadorizado helicoidal.
 

Parcerias

Rapidamente, a Unimed Marquês de Valença passou a fazer grande diferença na região, onde atua. Eventos, parcerias e ações tornaram-se tradicionais e referências. Como o encontro anual de homenagem ao dia das secretárias e as semanas de Enfermagem. Ou ainda, o apoio à APAE de Valença. E, mais recente, o Projeto Reflorestamento que planta, anualmente, milhares de mudas da mata nativa, em Valença, junto a unidade do Exército, e em Rio das Flores, junto à Prefeitura local.
 

Sucessão

Na noite de 12 de janeiro de 2001, o doutor José Fernando Pereira Mesquita representa a diretoria da Unimed Marquês de Valença na inauguração do novo posto de atendimento de Miguel Pereira que foi batizado de “Doutor José Paulo Barbosa Faria”. No dia 9 de março do mesmo ano, após lutar, sem esmorecimento, contra o mal que afligia sua saúde, falece no Hospital de Clínicas Marquês de Valença o líder e idealizador de toda esta caminhada. A Unimed Marquês de Valença perde seu presidente, doutor José Paulo Barbosa Faria. 
Com esta grande perda e mais o desligamento do vice-presidente José Geraldo Rigotti Faria, que se radica em outro Estado, na diretoria executiva ocorre a natural ascensão do diretor administrativo, doutor José Fernando Pereira Mesquita, à presidência, e recomposição dos outros cargos pelos doutores Carlos Henrique Diniz Branco e Ricardo Gomes Graciosa. Composição que foi reeleita para o período 2002-2006.
Em 2003, assume o cargo de diretora administrativa a doutora Márcia Galvão Pereira. No final de 2004, sob a presidência do doutor José Fernando Pereira Mesquita, a Unimed Marquês de Valença comemora os dez anos de sua fundação com grande festa que reuniu cooperados, funcionários e colaboradores no salão do Clube dos Coroados.Nas eleições de março de 2006, o doutor José Fernando opta por se retirar da presidência. É eleita, na presidência, a doutora Márcia Galvão, tendo como vice-presidente o doutor Carlos Henrique Diniz Branco e como diretor administrativo o doutor Carlos Castilho Fonseca. Este mandato investe em ações voltadas a continuidade dos processos de modernização tecnológica, reforma administrativa e projetos ambientais voltados ao conceito de responsabilidade social.
Em março de 2010 assume a atual diretoria executiva: diretor presidente Dr Oscar Silva Leite Pinto, diretor vice-presidente Dr Gerson França Leite e diretor administrativo Dr Carlos Castilhos de Souza Fonseca.