A Confederação de Federações de Cooperativas Unimed do Sul do Brasil - Unimed Mercosul foi criada em 4 de setembro de 1994. O Sistema Unimed dava mais um importante passo no seu crescimento e conquistava mais uma aliada indispensável na defesa de suas premissas numa das regiões de maior disseminação do Cooperativismo Médico no país.

A Unimed no Sul do país iniciou a década de 90 com uma necessidade específica: o aperfeiçoamento nas relações de intercâmbio de serviços entre suas Singulares. Desta forma surgiu a proposta de ser implantada uma Cooperativa Central na região, para descentralização de atividades realizadas pelas Federações do Sistema, conforme preconizado pelo Fórum Unimed. Assim nasceu a Unimed Mercosul – Confederação de Federações de Cooperativas Unimed da Região Sul do Brasil, tendo com filiadas as Federações Unimed do Rio Grande do Sul, de Santa Catarina e do Paraná.